溶連菌感染症の治療法としては、ほぼ必ずペニシリン系抗生物質の投与が行われます。基本的に抗生物質投与で容易に治療可能な症状ですので、現代で治療そのものが問題になることはまずありません。しかし、無症状な保菌者が繰り返し集団感染の原因になったりするように、症状が治まっても必ずしも菌が排除できたわけではありません。抗生物質を投与した場合、必ず医師から処方された分量を指定された期間服用することが重要です。キャリアーになってしまう点もそうですし、不完全にしか溶連菌を排除していない状態では、無症状のまま深部への感染が進み、重大な症状を引き起こす可能性があります。また、不完全な抗生物質投与が続くと、抗生物質耐性を獲得した溶連菌が出現する可能性が高まります。溶連菌感染症治療においては、必ず完治するまで処置を継続することが大事です。
病院での検査は通常、喉からの菌採取か血液検査で行われます。前者は単純に溶連菌の有無を確認する検査で、後者は抗体反応を見る検査です。この他に腎臓障害を併発していないかの尿検査も行う場合があります。抗生物質投与を行い始めると菌の採取と血液検査では検出が難しくなります。また、治療開始前でもはっきりと判定できない場合も多く、こうした場合は大丈夫だと思われる期間抗生物質を投与し続けるという対処になるようです。また近年ではより効果の高い抗生物質を用いて、投与期間を短くする向きもあるようです。